O ENCOGERCO 2006 teve a sua realização organizada pela a Agência Brasileira de Gerenciamento Costeiro, Agência Costeira, instituição reconhecida internacionalmente e constituída como Organização da Sociedade Civil de Interesse Público, desde 2002 é a responsável pela coordenação do ENCOGERCO.

O Encontro Nacional de Gerenciamento Costeiro realizado no ano de 2006 durante os dias 27, 28 e 29 de novembro, teve como sede a cidade de Florianópolis em Santa Catarina.

O ENCOGERCO é a oportunidade para pessoas e instituições interessadas em intervir nas questões das áreas litorâneas do Brasil, encontrarem-se em momento único e produtivo, fundamental para a tomada de posições e para a viabilização dos esforços em busca de soluções de gestão ambiental.
O objetivo do ENCOGERCO é o de aglutinar a difusão de informações e a articulação entre a União, Estados e Municípios, com limites marinhos e as entidades da Sociedade Civil, incluindo ONG’s, universidade e seus pesquisadores, professores e alunos, além de importantes setores da iniciativa privada. Conjugando os diversos interesses no debate de novas estratégias de ação e na busca de ajuste nas metodologias e técnicas de gestão ambiental, o ENCOGERCO facilita a troca de informações e o compartilhamento das experiências que podem ser úteis a todos os envolvidos.
Manter-se aberto às novas possibilidades de atuação na gestão ambiental, nas diferentes realidades regionais, em benefício da integração, participação comunitária e das demandas a serem atendidas é a proposta do Encontro onde, neste ano serão definidas as bases, diretrizes e condicionantes da sociedade, visando à elaboração de um Plano Nacional para o Gerenciamento
Costeiro.
O ENCOGERCO terá como objetivo básico mobilizar e fortalecer a posição da sociedade civil e dos demais atores envolvidos na gestão costeira, para contribuir na elaboração dos princípios de um novo Plano Nacional para a gestão ambiental da Zona Costeira e Marinha do Brasil.
A importância da discussão das bases de uma proposta para o 3°PNGC, neste ENCOGERCO é que, após quase nove anos da edição do Plano anterior, diversos fatores contribuíram para uma necessária atualização, tendo em vista que vários dos seus instrumentos foram elaborados e aplicados em alguns Estados, mas nem sempre como parte de uma política de gestão costeira propriamente dita.

Participantes: Cerca de 60 estudantes,  estiveram presentes no evento, apresentando resumos de pesquisas  participando de palestras, discussões e mesas-redondas que aconteceram durante a programação.

A Abertura do evento foi realizada pelo Secretário Executivo do Fórum Paulista de Mudanças Climáticas, Fábio Feldmann, que já foi secretário do meio ambiente do estado de São Paulo. Em sua apresentação Feldmann abordou os problemas que o aquecimento da global produzirá na zona costeira, em especial no litoral brasileiro

Entre os resultados obtidos com o Encontro estão os vários documentos encaminhados durante a Plenária Final, realizada no último dia de programação. Entre estes documentos, alguns contaram com a contribuição de estudantes e professores da UNESP São Vicente, envolviam questões ambientais referentes à região Baixada Santista. Os demais documentos referiam-se a diversos assuntos, entre eles o Novo Plano Nacional de Gerenciamento Costeiro, impactos da carcinicultura em manguezais, populações tradicionais, entre outros.